In Lost Planet 3 speel je als Jim, een rig piloot die de aarde verlaat om een gevaarlijke, maar zeer lucratieve baan op E.D.N. III te nemen. Jim werkt voor Neo-Venus Construction (NEVEC), die op hun beurt bezig zijn met de planeet klaar te maken voor kolonisering. Jim gaat samen met de andere pioniers vanuit de Coronis basis op zoek door het onbekende gebied naar de energie van de planeet, Thermal Energy.